平安時代（862年）に、この境内から「香」の良い水が湧き出たので、清和天皇より「御香宮」の名を賜りました。

この「水」は、伏見の七名水の一つで、環境庁より「名水百選」に認定されています。

その後、豊臣秀吉が伏見城築城の際に、鬼門除けの神として勧進し、社領300石を献じました。

徳川家康の時代になると、元の地に本殿を造営されました。

幕末の鳥羽伏見の戦いでは、官軍（薩摩藩）の屯所となった当社。